鹿洞书院是仁宗8年（1630）以"存养祠"为名创建的，肃宗39年（1713）赐了"鹿洞"匾额，一直延续到今天。这一书院创立初期只供奉了烟村崔德之（1384~1455），之后又陆续供奉了崔德之的孙子山堂崔忠诚（1456~1491）、文谷文寿恒（1629~1689）、农严金昌协（1651~1708）等。
现在保管着很多古文书和木板等，具有代表性的古文书有包括记录着院生名单的25册《书院青衿案》、2册《书院西斋儒案》、5册《寻院录》、3册《合敬斋保奴案》在内的通文、原义、奴婢赠与文书等散页文书。木板有《烟村遗事》、《文谷集》、《山堂集》等供奉人物的文集木板和附近地区人物的《石川集》等。
这些遗物是综合、多角度的记录了鹿洞书院的沿革、组织和运营、经济基础、儒生名单的珍贵资料。